基因组格式

㈠ bwa建index时输出文件格式fai和sai的差别

fai是对ref基因组文件建的索引，方便软件快速随机读取基因组序列
sai是将fastq比对后出来的文件，用于最后输出比对结果sam文件的

㈡ 参考基因组序列名GRCh38，hg38，GRCh37，hg19怎么区分

GRCH37，b37和hs37d5： 可以将hs37d5理解为b37的升级版，b37为GRCH37的升级版。b37在GRCH37的基础上进行命名和坐标系统规范，包括线粒体和开头的一些没有定位到基因组的序列；

hs37d5在b37基础上增加了一条病毒序列（疱疹病毒），一条decoy序列（hs37d5，来自BAC或者质粒克隆等，没有具体的变异检测的作用，但是能增加比对率，以及提升正确的比对率），并且在Y染色体上把X,Y染色体的同源区mark 成了N。

hg19与hs37d5的坐标系统一样，1-X,Y染色体碱基信息一模一样。线粒体有差别（版本不一样，hs37d5用的是修正版的NC_012920，而hg19是老版NC_001807），建议使用NC_012920（也有基于hg19更新线粒体信息的hg19基因组）。

(2)基因组格式扩展阅读：

GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。

㈢ 从ncbi下载的全基因组序列压缩包是FNA格式 不能解压怎么办

通常下载基因组序列是fasta或者text格式，用电脑自带的笔记本软件就能打开，没见过下载压缩包这么麻烦的。

㈣ DNAstar引物设计时,基因的序列应该保存成什么格式

可以用DNAstar自带的 EditSeq程序生成基因序列文件（在EditSeq程序窗口复制粘贴，保存即可），后缀为.SEQ。很多程序中都通用的。

中文说明书可以去生物经纬上找找看，要是找不到，留个邮箱我发给你。

㈤ 基因组文件中_rm 和_sm文件分别代表什么意思

rm是repeat masked，也就是说基因组序列中的重复序列都被修改为N

sm是soft mask，基因组中的重复序列变为小写的形式，大写的是非重复序列。

㈥ 什么是基因组序列

GSDB是基因组序列数据库（Genome Sequence Data Base），由美国新墨西哥州Santa Fe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

㈦ 拟南芥基因组fasta格式，如何编代码，提取启动子序列。谢谢啊，不胜感激。本人要写毕业论文，不胜感激。

编代码你要不

㈧ 基因组数据库里的文件怎么用

在NCBI上下的基因组数据库，有5种文件格式，分别是.asn .fa .gbk .gbs .mfa！

㈨ 我想得到小鼠mm9的全基因组的fa格式序列，现在手里有单个染色体的fa格式的序列，用什么工具整合这些数据

windows下面的话任何能处理大型文本文件的编辑器都可以的，例如LTFviewer
linux下直接cat file1 file2 > file3 就可以合并文件了。