基因組格式

㈠ bwa建index時輸出文件格式fai和sai的差別

fai是對ref基因組文件建的索引，方便軟體快速隨機讀取基因組序列
sai是將fastq比對後出來的文件，用於最後輸出比對結果sam文件的

㈡ 參考基因組序列名GRCh38，hg38，GRCh37，hg19怎麼區分

GRCH37，b37和hs37d5： 可以將hs37d5理解為b37的升級版，b37為GRCH37的升級版。b37在GRCH37的基礎上進行命名和坐標系統規范，包括線粒體和開頭的一些沒有定位到基因組的序列；

hs37d5在b37基礎上增加了一條病毒序列（皰疹病毒），一條decoy序列（hs37d5，來自BAC或者質粒克隆等，沒有具體的變異檢測的作用，但是能增加比對率，以及提升正確的比對率），並且在Y染色體上把X,Y染色體的同源區mark 成了N。

hg19與hs37d5的坐標系統一樣，1-X,Y染色體鹼基信息一模一樣。線粒體有差別（版本不一樣，hs37d5用的是修正版的NC_012920，而hg19是老版NC_001807），建議使用NC_012920（也有基於hg19更新線粒體信息的hg19基因組）。

(2)基因組格式擴展閱讀：

GSDB資料庫中條目的格式與GenBank中的基本一致，主要區別是GSDB資料庫中增加了GSDBID識別符。GSDB資料庫可以通過萬維網查詢，也可以使用伺服器-客戶機關系資料庫方式查詢。無論用哪種方法，熟悉資料庫結構化查詢語言SQL，對更好地使用GSDB資料庫會有所幫助。

該資料庫採用伺服器-客戶機關系資料庫模式，大規模測序機構可以通過計算機網路向伺服器提交數據，並在發送之前對數據進行檢查，以確保數據的質量。

㈢ 從ncbi下載的全基因組序列壓縮包是FNA格式 不能解壓怎麼辦

通常下載基因組序列是fasta或者text格式，用電腦自帶的筆記本軟體就能打開，沒見過下載壓縮包這么麻煩的。

㈣ DNAstar引物設計時,基因的序列應該保存成什麼格式

可以用DNAstar自帶的 EditSeq程序生成基因序列文件（在EditSeq程序窗口復制粘貼，保存即可），後綴為.SEQ。很多程序中都通用的。

中文說明書可以去生物經緯上找找看，要是找不到，留個郵箱我發給你。

㈤ 基因組文件中_rm 和_sm文件分別代表什麼意思

rm是repeat masked，也就是說基因組序列中的重復序列都被修改為N

sm是soft mask，基因組中的重復序列變為小寫的形式，大寫的是非重復序列。

㈥ 什麼是基因組序列

GSDB是基因組序列資料庫（Genome Sequence Data Base），由美國新墨西哥州Santa Fe的國家基因組資源中心創建。GSDB收集、管理並且發布完整的DNA序列及其相關信息，以滿足基因組測序中心需要。該資料庫採用伺服器-客戶機關系資料庫模式，大規模測序機構可以通過計算機網路向伺服器提交數據，並在發送之前對數據進行檢查，以確保數據的質量。GSDB資料庫中條目的格式與GenBank中的基本一致，主要區別是GSDB資料庫中增加了GSDBID識別符。GSDB資料庫可以通過萬維網查詢，也可以使用伺服器-客戶機關系資料庫方式查詢。無論用哪種方法，熟悉資料庫結構化查詢語言SQL，對更好地使用GSDB資料庫會有所幫助。

㈦ 擬南芥基因組fasta格式，如何編代碼，提取啟動子序列。謝謝啊，不勝感激。本人要寫畢業論文，不勝感激。

編代碼你要不

㈧ 基因組資料庫里的文件怎麼用

在NCBI上下的基因組資料庫，有5種文件格式，分別是.asn .fa .gbk .gbs .mfa！

㈨ 我想得到小鼠mm9的全基因組的fa格式序列，現在手裡有單個染色體的fa格式的序列，用什麼工具整合這些數據

windows下面的話任何能處理大型文本文件的編輯器都可以的，例如LTFviewer
linux下直接cat file1 file2 > file3 就可以合並文件了。