參考轉錄組

❶ 轉錄組測序比對到參考基因組與參考基因有何區別

轉錄組測序是RNA水平測序，相當於DNA水平的基因組測序，是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。 轉錄組測序和表達譜其實都是通過高通量測序技術進行的，轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側重於獲得你材料的全部轉錄組信息；而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。

❷ 轉錄組測序中trinity是什麼東西

轉錄組學的研究對象包括mRNA和非編碼RNA等。新一代高通量測序技術可以全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列信息和表達信息，從而准確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學的重要問題。

基因表達譜測序是直接對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mRNA進行高通量測序，可以用來研究基因的表達差異情況。該技術結合了轉錄組測序建庫的實驗方法，與轉錄組測序相比，基因表達譜測序要求的讀長更短，測序通量更小，但僅可用於基因表達差異的研究。

轉錄組測序是RNA水平測序，相當於DNA水平的基因組測序，是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。

轉錄組測序和表達譜測序其實都是通過高通量測序技術進行的，轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側重於獲得你材料的全部轉錄組信息；而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。

❸ 如何進行轉錄組數據分析

首先您做的事晶元呢？還是轉錄組測序呢？
晶元我不是太了解，可能是封版閉系統權，目前看對於發現新轉錄本不是很有利。
若是做轉錄組測序，首先去除污染序列，然後片段重疊。然後將將每一個read定位到基因組，取得GO值，功能注釋，轉錄水平評估，功能富集及pathway分析，若對新發現的轉錄本感興趣還可以做轉錄本的功能預測及細胞定位。希望有高手來評價---說的不對的盡管指出。OVER.

❹ 轉錄組測序和表達譜測序的區別是什麼

轉錄組測序和表達譜測序的區別：轉錄組測序是RNA水平測序，相當於DNA水平的基因組測序，是一個框架；表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。

轉錄組測序和表達譜其實都是通過高通量測序技術進行的，轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側重於獲得你材料的全部轉錄組信息；而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。轉錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的所有RNA（包括mRNA，smallRNA及non-coding RNA等）的總和。轉錄組測序是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本。相對於傳統晶元而言，轉錄組測序無需預先設計探針，即可對任意物種的任意細胞類型的轉錄組進行檢測，能夠提供更精確的數字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。

❺ 有參考基因組的轉錄組測序怎麼樣

轉錄本是一個基因序列通過一種剪切後所得的能RNA.以前說轉錄本都是說表達蛋白的.現在LncRNA的研究多了,也說是一個轉錄本了.還有沒有參考基因組序列的,一般是不可能去GO功能注釋的.因為去功能注釋的時候要有一個背景.

❻ 全轉錄組測序可以選近緣物種作為參考基因組嗎

轉錄組測序前，抄需要對物種轉錄組的大小進行評估，評估方法如下：
對於有參考基因組的物種，可以分析基因組信息，統計編碼基因的個數，及其鹼基數，從而估計物種轉錄組的大小，另外可以查詢相關或相近物種轉錄組研究的文獻，作為參考。對於無參考基因組的物種則只能參考相近物種的轉錄組大小。
轉錄組測序所需的測序量隨研究目的的不同而有所差異。目前，為保證數據分析結果的可靠性和准確性，推薦轉錄組測序採用最低4Gb clean data進行後續分析，如果想檢測到低豐度的轉錄本推薦採用8Gb clean data。